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1,杰毅本地化解決方案的包含了哪些內容?
杰毅本地化解決方案包含微生物破壁儀、NGSmaster?自動化建庫儀、儀器配套卡盒以及提取建庫試劑、病原微生物基因數據分析軟件及服務器,搭配 illumina 高通量測序儀為一整套病原微生物本地化解決方案,可以為醫療機構快速實現本地化開展病原微生物檢測。
2,杰毅本地化解決方案適配的測序平臺有哪些?
NGSmaster?自動化建庫儀可搭配 illumina nextseq500/550、Miseq 等測序儀。
3,杰毅病原宏基因組本地化解決方案從樣本到報告需要多長時間?
使用杰毅病原宏基因組本地化解決方案,從標本到出具報告<13 小時。
4,NGSmaster?自動化建庫儀的通量有多大?
NGSmaster?自動化建庫儀標準是 4 個通道,一次可以做 1-4 個樣本。每個通道之間相互獨立,互不影響,可同時對不同類型的生物樣本進行處理,也可以單個樣本即刻開始提取建庫,靈活方便,適用于臨床隨時來樣的檢測場景,也符合緊急情況下需要快速對單個或是少數樣本進行建庫測序的需求。在臨床樣本量增加時,也可以將多臺儀器進行疊加使用,最多可以疊加 24 臺儀器(96 通道)。除了標準的 4 通道,還有單通道的儀器可選。
5,NGSmaster?自動化建庫儀建庫可以構建哪些文庫,需要多長時間?
使用 NGSmaster?自動化建庫儀可以進行 DNA 建庫和 RNA 建庫。生物樣本進,文庫出,提取建庫過程均儀器自動完成,無需人工操作,DNA 文庫 2 小時完成,RNA 文庫 3.5 小時完成。
6,杰毅自動建庫為什么只需要 2 個小時就能完成?
傳統的建庫為手工+PCR 建庫方式,至少需要 6-8 小時。杰毅的文庫構建使用的是 PCR-free 的建庫技術,建庫過程中不進行 PCR 擴增(5 步完成建庫:核酸-片段化-補平加 A-連接-純化),從而節省了大量時間(PCR 方法建庫需要進行多步純化和 PCR)。同時儀器自動建庫,也大大縮短了人為操作時間,實現了 2h 可以完成文庫的構建。
7,為什么要使用 PCR-free 的建庫技術,有什么優勢?
(1)PCR-free 建庫技術無 PCR 過程,避免了 PCR 氣溶膠污染的風險。
(2)PCR-free 建庫無 PCR 產生的偏向性問題,讓結果更真實。
(3)PCR-free 建庫技術步驟少,速度快,大大縮短了實驗時間。
8,NGSmaster?自動化提取建庫儀可以做的樣本類型有哪些?
NGSmaster?自動化提取建庫儀適用的樣本類型非常全面,包括血漿、骨髓、肺泡灌洗液、腦脊液、胸腹水、膽汁、關節積液、尿液、膿腫抽液、房水、其它穿刺液、組織、痰液、鼻咽拭子保存液、傷口滲出液、肛周拭子等。
9,建庫完成后,樣本還需要進行什么處理嗎,如何進行質控?
使用 NGSmaster?自動化建庫儀,建庫程序完成之后,直接得到文庫樣本。只需要在測序前用熒光定量 PCR 儀進行文庫定量質控,質控合格之后,完成 pooling 和 pooling 后質檢,即可進行上機測序。
10,NGSmaster?自動化建庫儀占地大嗎,操作需要放在什么房間?
NGSmaster?自動化提取建庫儀相比市面上常見的建庫設備,體積很小(518mm*343mm*418mm),可以放置在生物安全柜內,并且由于建庫使用 PCR-free 建庫技術,無氣溶膠污染,不需要放置在專門的 PCR 房間,一般放置在樣本制備間即可。
11,數據分析是如何進行的和檢測報告是怎么出具的?
杰毅本地化解決方案中,數據分析使用杰毅專門的病原微生物基因數據分析軟件,該軟件搭載了物種信息系統、智能分析系統、深度解讀系統三大系統,并留有 his 系統接口,可以進行信息對接,可實現樣本查詢、管理等。可視化的報告系統,可為臨床一鍵式出具檢測報告,僅需 1 名臨床醫生對報告進行審核即可。測序過程中邊測序邊分析,最快可實現下機后 10 分鐘出具報告。
數據分析可選云端數據解決方案和本地化數據方案,云端數據解決方案無需單獨配置服務器,數據全面更新快。本地化數據解決方案數據安全性高更高,適用于對數據安全要求較高的機構。
12,檢測的內容哪些內容?
杰毅病原宏基因組檢測內容含24419種病原微生物(細菌 11027 種,支原體 54 種,衣原體 12 種,立克次體 21 種,螺旋體 48 種,病毒 11704 種,真菌 1324 種,寄生蟲 229 種)和 2000 余種耐藥基因。
13,杰毅本地化解決方案有什么優勢?
(1)配套的微生物破壁儀,通過三維高速震蕩破壁,可顯著提高真菌、分枝桿菌等難破壁微生物的檢出,避免漏檢;
(2)NGSmaster?一站式、自動化建庫系統可快速、2h 無人值守,可自動化完成樣本的核酸提取和文庫構建,提升檢測時效性,降低污染風險,保障了生物安全;
(3)配套的卡盒式試劑盒,實驗前只需要將樣本和提取建庫反應試劑都預先加入卡盒中,后續通過自動化建庫儀自動完成提取和文庫構建,省時省力。
(4)采用了 PCR-free(免擴增)建庫技術,可顯著提升檢測時效性,規避 PCR 偏好性以及潛在的污染風險,保證結果的真實性;
(5)本地化數據分析軟件集數據庫、自動化分析軟件、智能化 AI 解讀于一體,無需生信分析人員,一鍵生成檢測報告,測序完成后最快可 10 分鐘出具報告。
杰毅生物技術在行業中的優勢?
杰毅生物是專注于為臨床提供分子診斷服務,秉承自主創新與追求卓越的理念,視自主研發的核心技術為生命,持續不斷地在臨床轉化領域進行技術研發投入。自主研發了 Q-mNGS 定量技術、NGSmaster 自動化檢測、PCR-free 建庫技術、微生物破壁儀、去人源技術等。
1) 從樣本到報告,全流程<13 小時,業內最快。
2) Q-mNGS 定量技術——可明確樣本中人源和病原體核酸含量,對真/假陰性結果進行鑒別,可根據病原體含量的變化對抗感染療效進行評估。
3) NGSmaster 病原宏基因組一體化建庫儀——全國唯一的全自動一體化核酸提取建庫儀,每個樣本獨立空間內完成核酸提取和文庫構建,規避了實驗員操作引入的背景菌以及樣本間的交叉污染,另外全流程僅需 2 小時,提高了 mNGS 檢測是時效性。
4) PCR-free 技術——依托杰毅生物自主研發的建庫試劑,在文庫構建環節去除了可能引起污染及結果偏差的多步純化步驟和 PCR 步驟,既提高了 mNGS 時效性,又規避了這些步驟可能導致的污染和結果偏差,使 mNGS 檢測結果更真實更準確。
5) 微生物破壁儀——采用三維高速振動的原理,配合不同粒徑的玻璃珠,可對分枝桿菌、真菌等厚壁微生物進行高效破壁,提高其檢出率;另外相比超聲破碎儀可能導致核酸過片段化造成的部分病毒、細菌的漏檢,杰毅自研的微生物破壁儀不會影響易破壁微生物的檢出率。
6) 去人源技術——杰毅自研的去人源技術采用差異裂解法的原理,快速、高效的對樣本中人源細胞進行去除,以提高微生物的檢出。根據與浙大一院的科研結果顯示,本方法可將微生物序列數占比平均提高 29.7 倍,且去人源全流程僅需 15 分鐘(其他類似方法需 2-4 小時)。
7) 自建耐藥基因檢測數據庫,從 2000 多種耐藥基因中挑選出 40 多個與表型耐藥強關聯的基因,在檢測病原物的同時,提供耐藥信息,可以作為醫生臨床用藥的參考。
8) 自建病原數據庫,補充真菌數據。
mNGS 檢測報告周期?
24 小時極致交付:實驗室從標本到報告<13 小時。
外周血、腦脊液、肺泡灌洗液等常見樣本類型的陽性率?
外周血 50% 左右,腦脊液 40 - 50%,肺泡灌洗液 70 - 80%
耐藥基因臨床符合率?
據不完全統計數據約 80%。
常見的 RNA 病毒有哪些?
樣本該如何選擇?
針對主要感染病灶在肺部的患者——送檢樣本:肺泡灌洗液> 痰液> 鼻咽拭子
針對除發熱外無其他感染部位的患者——送檢樣本:外周血> 骨髓
針對呼吸系統感染的兒童或不適宜取肺泡灌洗液的患者——送檢樣本:痰液> 鼻咽拭子
針對腸道感染的患者——送檢樣本:肛周拭子
針對中樞神經系統感染的患者——送檢樣本:腦脊液> 外周血
不接受糞便樣本,但可以接收肛拭子
Q-mNGS?是什么?
Q-mNGS?全稱 Quality/Quantity mNGS(定量宏基因組檢測),實現了人源和病原體核酸的相對定量檢測,可溯源樣本中病原及人源核酸的真實比例,實現真/假陰性的區分和治療效果的監測。