媒體專訪 | 感染病原基因檢測有多快?13 小時,還能更快!

近日,杭州市余杭區融媒體【蹲點百企換新力】欄目記者對杰毅生物進行了專訪,以下為 “看余杭” 新聞報道。

鸚鵡熱,一種曾經被定義為罕見病的感染性疾病,這兩年逐漸被大眾熟知,并被廣泛科普。記者來到位于良渚生命科技小鎮的杭州杰毅生物技術有限公司(以下簡稱 “杰毅生物”)時,檢測人員正在對剛從醫院取回來的標本進行檢測。
“杰毅生物” 針對鸚鵡熱全新研發出來的一款靶向檢測試劑盒,即將在今年年底拿到三類醫療器械注冊證。對于疑似社區獲得性肺炎且有禽類接觸史的不明原因發熱患者來說,用鸚鵡熱試劑盒做一個簡單的檢測,就能夠在 2 小時內輕松排查是否存在鸚鵡熱隱患。這一曾經在臨床上極難被判斷的感染性疾病,就這樣輕松找到了解決方式。
說它難判斷,原因有二。客觀上來說,鸚鵡熱的病原體難以在體外成功培養,對于臨床醫生而言,很難借助培養實驗判斷患者是否感染的是鸚鵡熱;主觀上來說,不少患者很難判斷自己是否有禽類接觸史,鸚鵡熱衣原體可通過空氣或氣溶膠傳播,從實際病例來看,即便只是與鴿子糞共處一室,都有感染風險。
研發強針對性的靶向檢測試劑盒,杰毅生物用到的是熒光定量 PCR 這一核酸檢測金標準技術。但選取哪些病原體作為檢測靶標,可不是拍拍腦袋就做決定,而是基于 “杰毅生物” 過去幾年積累的龐大的病原體基因檢測大數據。
作為國內最早一批接觸高通量測序(NGS)的研究人員,“杰毅生物” 創始人王珺在 2019 年成立企業時,就將 “讓每位感染患者第一時間得到精準診療” 作為企業愿景。“感染性疾病是一類非常常見但死亡率居高不下的疾病,有時從感染到死亡僅僅幾天甚至幾個小時。以往我們的治療非常依賴醫生的經驗,但在面對一些無法進行體外培養或培養時間很長、培養成功率很低的病原體時,無論是花費大量的時間去培養還是憑經驗使用抗生素,本質上都是在拼概率。一般培養病原體需要 3-4 天,醫生嘗試各種抗生素也需要一定周期來看效果,往往病原體還沒培養出來或是還沒找到合適的抗生素,患者已經錯過了最佳治療時機。” 說起曾經在臨床見到的一個個鮮活案例,王珺的語氣中充滿了嘆息。
在王珺看來,治療感染性疾病是在與死神搶時間,不能靠猜,更不能等,唯一的解法是,精準、快速地找到病原體!于是,一套針對病原體高通量測序的 NGS 流水線式自動化全流程解決方案應運而生。
“通過這套設備,從標本到報告,僅需 13 個小時就能得出所有核酸結果,且檢出陽性率達到 90% 以上。‘杰毅’ 的病原 NGS 檢測在過去幾年已經累計做了 40 萬人份,醫生拿到報告知道患者的感染源是什么,就能立馬切換治療方案,進行精準治療。” 王珺說。
目前,“杰毅生物” 通過自動化、人工智能等技術極大提高了病原 NGS 檢測時效性,13 小時的速度也已經領跑行業。但在王珺看來,這個速度還不夠快。“ICU 中有一種膿毒性休克,搶救時效僅有黃金 6 小時。超過 6 小時后,每晚一個小時,死亡率上升 6.6%。” 王珺說,“面對爭分奪秒的感染性疾病,公司成立之初就在不斷精進自動化技術水平,招聘的第一個員工就是做自動化的。經過自研技術的不斷升級和打磨,相信不久的將來,病原 NGS 檢測時間有望實現從 13 小時到 6-7 小時的飛躍。”
當然,要實現病原體的快速鑒定,檢測實驗是一部分,精準識別病原體是另一部分。“杰毅生物” 擁有包含 35000 余種病原體的龐大數據庫,幾乎覆蓋人類目前已知的所有致病的病原體的基因組序列;同時,早在 2019 年企業就與阿里達摩院展開合作,用人工智能進行快速計算,可以做到幾十 G 的數據在測序結束十分鐘內全部完成分析。基于此,檢測完成后生成的測序數據才能在極短時間內生成病原體檢測報告。
公司多年來持續投入升級病原 NGS 檢測解決方案,除了幫助感染患者之余,王珺還有更深層的考量:“每一次檢測都會累計一次數據,通過一次次分子檢測,病原譜將越來越龐大且精準。一來,正如我們發現鸚鵡熱近年來越來越高發,并非罕見病,基于病原譜,我們可以研發各種靶向試劑盒;二來,隨著檢測的常態化,通過數據走勢更能預判流行病可能在什么時候發生;此外,測序可以精準了解每一個病原體的基因組序列,以此為基礎可以知道病原體的來源及耐藥信息。我相信這幾點在未來都將對醫學發展帶來很大的幫助。”

來源|看余杭

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